רבנים רבים אוהבים להעלות את הטענה כי לולא קיומה של התושב"ע, לא היינו יכולים לדעת כיצד לקרוא את התנ"ך בצורה נכונה. בטוחים הם כי חז"ל הסתמכו על מסורת קדומה לניקוד הנכון, אשר הועברה בעל-פה והשתמרה על-ידי הרבנים. טענות מסוג זה אינן מחזיקות מים. בעוד הדעות והמחלוקות אודות טעמי המקרא והניקוד הנכון בקרב עדות שונות ובקרב חוקרים – מרובות. אלוהים הוא אחד ולא ייתכן כי הוא ייתן דעות סותרות. אם אלוהים היה מעניק ניקוד\טעמים למשה בהר סיני, לא היינו במצב בו אנו נמצאים כיום, שישנם כלכך הרבה דעות שונות וסותרות. כמו כן המחקר האקדמי סותר לחלוטין אפשרות שהניקוד או הטעמים מקורם בתורה "שבעל-פה" דמיונית.

1. פרופ' טור-סיני קבע באופן נחרץ: "הרי אין הניקוד אלא פירוש, המביע את הבנת הנקדנים, ולא מסורת קדומה" (נ.ה. טור-סיני, הלשון והספר: בעיות יסוד במדע הלשון ובמקורותיה הספרותיים – כרך הספר, ירושלים, בהוצאת: מוסד ביאליק, 1959: 16).
2. פרופ' מזר הוסיף כי קשה לקבוע בדיוק מתי הופיע לראשונה הניקוד: "אין בידנו לקבוע בדיוק את התקופה שבה נוצרו שיטות הניקוד; הקדום שבכתבי היד המקראיים המנוקדים' שזמנם ידוע לנו' הריהו מצרף (קודכס) הנביאים שנשתמר בבית הכנסת הקראי בקאהיר. לפי הקולופון שבו, נכתב מצרף זה בידי משה בן אשר בטבריה בשנת 895 לסה"נ ונראה שזמן ניקודו והטעמתו שווים לזמן כתיבתו" (בנימין מזר (עורך), אנציקלופדיה מקראית: אוצר הידיעות של המקרא ותקופתו – ה: ממוכן – סתרי, ירושלים, בהוצאת: מוסד ביאליק, 1968: 840-841). "במהלך תולדותיה היתה טבריה מרכז רוחני ומינהלי חשוב. היא שימשה מושב לסנהדרין ומרכז לחכמים נודעים. כאן נחתם התלמוד הירושלמי וכאן גם הומצא הניקוד העברי" (ישראל קמחי, בתוך: גדעון ביגר ואלי שילר (עורכים), אריאל: כתב עת לידיעת ארץ ישראל – טבריה וסביבתה, ירושלים, הוצאת ספרים אריאל, 1987: 9).
3. יתרה מכך, פרופ' מזר מוסיף כי ברור לחלוטין שאין מקורו של הניקוד במסורת חז"ל שהרי אין לכך זכר בתלמוד: "ואשר לתחילת התפתחותו של הניקוד, ברור שזמנה לאחר חתימת התלמוד, שהרי אין הניקוד מוזכר בתלמוד". (מזר, שם, עמ' 841). "כאמור, הכתב העברי הוא כתב עיצורי, והטקסטים במקורותינו העתיקים אינם מנוקדים… הניקוד, דהיינו: הסימון הגראפי של התנועות, לא הוזכר בתלמוד. לפי הידיעות אשר בידינו אפשר להניח, ששיטות ניקוד שונות התהוו בין המאה ה- 6 לספה"נ לבין המחצית הראשונה של המאה ה- 7 לספה"נ" (מרים גיליס, "היבטים חדשים בהוראה מתקנת", בהוצאת: דקל – פרסומים אקדמיים בע"מ, 1978: 19).
4. חוץ מזה, פרופ' מזר מבחין בין שתי מסורות ניקוד מתחרות: "מסורת המקרא הבבלית והניקוד הבבלי שימשו בעדת תימן כמה מאות שנים, עד שהתחילה מסורת המקרא הטברנית דוחה [שדחתה] את מסורת המקרא הבבלית" (מזר, שם, עמ' 842-845).
5. חוקרים בתחום מצאו כי לסופרים שהיו אמונים על העתקת התורה, לא היתה יד בניקוד: "הסופר הזה רגיל היה להעתיק את המקרא בלבד, וחכם מסורת ונקדן היה מוסיף את הניקוד והמסורה" (חגי צורף וימימה רוזנטל (עורכים), "יצחק בן-צבי: הנשיא השני", שם בהוצאת: ארכיון המדינה, 1998: 506).
6. פרופ' אליאור כבר הוכיחה מעבר לכל ספק כי על-פי התנ"ך, הכוהנים לבדם היו אמונים על שמירת התורה, על העברתה מדור לדור ועל קריאתה בפני העם. לכן ברור כי גם אם היתה מסורת ניקוד שהועברה בעל-פה היא היתה נשמרת בידי הכוהנים (הצדוקים) ולא על-ידי הפרושים והרבנים, אשר הופיעו על במת ההיסטוריה רק בשלהי תקופת בית שני ולא לפני כן (רחל אליאור, "זיכרון ונשייה: סודן של מגילות מדבר יהודה", רעננה, בהוצאת: מכון ון ליר בירושלים הקיבוץ המאוחד, 2009: 150-152).
7. בעוד הדעות והמחלוקות אודות טעמי המקרא והניקוד הנכון בקרב עדות שונות ובקרב חוקרים – מרובות. אלוהים הוא אחד ולא ייתכן כי הוא ייתן דעות סותרות. אם אלוהים היה מעניק ניקוד\טעמים למשה בהר סיני, לא היינו במצב בו אנו נמצאים כיום, שישנם כלכך הרבה דעות שונות וסותרות.